PPK-формат задействуется утилитой plink, являющейся частью PuTTY. Ключи, сгенерированные с помощью ssh-keygen, plink не воспринимает. Если такой ключ уже есть, но для plink его проще всего сконвертировать.

Для этого понадобится утилита (Putty Key Generator), она входит в пакет putty-tools для Debian/Ubuntu и putty для Arch/Fedora:

apt-get install putty-tools

Сама конвертация:

puttygen keyfile -o keyfile.ppk

 

Дополнительно:

https://www.puttygen.com/